什么时候使用FAT32文件系统
选择FAT32文件系统作为文件分配系统的话，在管理硬盘驱动器上存储的数据的时候会变得更加有效。当硬盘大小超过1.2GB的时候就应该考虑选择FAT32文件系统。想在大硬盘上提高磁盘性能，就应该选择FAT32而不是FAT16文件系统，这也是FAT32与FAT16相比一个重要的优势。在使用FAT32格式化硬盘分区之前，用户应该先检查一下是否所有的应用程序都支持FAT32系统，因为并不是所有的早先的程序都可以在FAT32下运行。如果用户想安装Microsoft Windows NT3.51或是4.0的话，也是不能使用FAT32文件系统。
什么时候使用NTFS文件系统
如果用户想使用NTFS文件系统，那么就应该使用Microsoft Windows NT内核系列的操作系统，NTFS不支持类似Microsoft Windows 95,98这样的操作系统。在大硬盘的使用上NTFS操作系统能工作得很好。并且NTFS文件系统支持一些安全特征因此被大多数的商业公司采用。在一个NTFS的分区上，可以做到文件级别的安全设置，在这一点上FAT16或是FAT32文件系统都是无能为力的。NTFS文件系统可以使用在Microsoft Windows NT，Windows2000以及最新的Windows XP上。